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1946年

　　1月上旬，作为中国共产党代表同马歇尔、张群组成的三人委员会，通过谈判，达成停止军事冲突的协议。1月10日至31日，率中共代表团参加国民党在重庆召开的政治协商会议。5月3日，率中共代表团由重庆迁至南京。随后与军事三人小组其他两方人员赴湖北宣化店阻止国民党军队向中原解放区进攻，并同中原部队领导人研究、部署了突围方案。这期间，周恩来极力防止内战，争取实现国内和平，但国民党军队终于在6月26日大举进攻中原解放区，全面内战爆发。11月19日，周恩来率中共代表团返延安。12月，兼任中共中央城工部部长。

1947年

　　3月18日，和毛泽东等撤离延安，之后转战陕北，协助毛泽东指挥全国各战场的人民解放战争，同时领导国民党统治区的第二条战线斗争。8月，代理中央军委总参谋长。

1948年

　　4月下旬，到河北省建屏县西柏坡（今属平山县），协助毛泽东组织指挥辽沈、淮海、平津三大战役。

1949年

　　3月25日，和毛泽东等率中共中央机关进入北平。4月，率中共代表团同国民党政府代表团在北平谈判，提出《国内和平协定（最后修正案）》，南京国民党政府拒绝接受。21日，人民解放军强渡长江。6月，在新政治协商会议筹备会常务委员会上当选为新政协筹备会常务委员会副主任、《共同纲领》起草小组组长。9月，出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，在会上作《关于〈中国人民政治协商会议共同纲领〉草案的起草经过和特点》的报告；当选为中国人民政治协商会议全国委员会委员、中央人民政府委员。10月，当选为第一届政协全国委员会副主席，被任命为政务院总理兼外交部长、中国人民革命军事委员会副主席。12月，指出中国经济建设要以农业为基础，以工业为领导。